大きな違いは「投影対象」。対象がスケッチとエンティティ/要素の違いです。参照スケッチはスケッチ単位で強固な関連付けです。エンティティ変換は線、点（エンティティ/要素）単位の拘束です。拘束は削除できます。
参照スケッチは、エンティティ変換/要素変換でも可能というか、基本、エンティティ変換を使うのが普通でしょう。平行の場合だけ。形状からスケッチが欲しい時に使うのがほとんどです。次の動画みたいなことしませんよね。
で、参照スケッチがいいのは、
あらぬ方向、位置へのスケッチをしたい場合はスケッチ全体をコピーし関連付ける。
だから、寸法の共有とか標準化という考えで作るものです。標準化？した参照スケッチから複数のフィーチャーを作るとか。
最後に、
コピー＆ペーストがありましたね。
これは独立しているので好きにできます。どんな方向でも正しく貼り付けることができます。